что такое диком файл

DICOM — Какая печать нужна медицине?

В настоящее время медицинские учреждения в России стремятся использовать самые современные технологии для успешной диагностики и лечения. Некоторые изменения происходят и в сфере диагностических аппаратов, появляются 3D снимки, полноцветные рентгены, мониторы для просмотра снимков и т.д. Но эти технологии только увеличивают стоимость процесса. Однако в медицине, как и в любом бизнесе требуются инновации для уменьшения расходов. Возможность применения обычных принтеров для визуализации данных со снимков рентгенографии или томографии позволяет добиться такой экономии на пленках, а также быстрее получать результаты исследований.
В прошедшем году компания OKI представила несколько новых моделей принтеров, поддерживающих DICOM, которые отличаются от базовых моделей приставкой «DM», а также ценой и исключительно поддержкой данной технологии. И здесь возникает вопрос, действительно ли DICOM так востребована и может принести пользу медицинским учреждениям или это скорее маркетинговый трюк?

Как например этот:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

Что такое DICOM?
Обычно введение новых стандартов и технологий воспринимается ИТ-специалистами «в штыки», ведь никто не хочет отказываться от существующих и привычных форматов и уже известных принципов работы. («Работает — не трогай!»). Однако в случае с DICOM (Digital Imaging and Communication in Medicine), дела обстоят совершенно иначе. Дело в том, что стандарт DICOM используется для сбора и хранения информации о пациенте на современном медицинском оборудовании. Формат файлов DICOM четко регламентирует принципы хранения результатов исследований, а сетевой протокол — взаимодействие между различными устройствами (включая хранилища и терминалы), обеспечивая облегченный поиск в сети и на отдельном устройстве всех данных, связанных с конкретным пациентом.

Так выглядит стандартная программа для работы с протоколом

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

DICOM против обычных принтеров
Что касается возможностей печати, стандартные принтеры, уже много лет успешно применяющиеся в медицине в качестве вспомогательных элементов системы визуализации, обладают сразу двумя недостатками:
• во-первых, большинство принтеров требуют наличия промежуточного элемента для коммуникации с медицинскими системами — персонального компьютера;
• во-вторых, использование 8-битного интерфейса печати не позволяет отобразить все «тонкости» диагностической инфорамции.
Первая неприятность диктует медицинскому учреждению необходимость обслуживания дополнительно еще одного рабочего места, обновления компонентов компьютера, настройки экспорта изображений с томографов и систем моделирования и так далее. А это значит, что функция печати будет доступна не всегда, для ее обслуживания периодически нужен ИТ-специалист, а значит… мы опять возвращаемся к пленкам, по крайней мере, в большинстве случаев.
Второй нюанс значительно ограничивает возможности диагностики без применения пленочных носителей. Дело в том, что неполная передача информации, которую удалось извлечь из данных магнитного резонанса или, например, прохождения рентгеновских лучей через ткани организма, может привести к неверной диагностике и навредить пациенту… да и просто приводит в бешенство врачей, которые в итоге предпочитают получать пленочные результаты исследований.
Протокол DICOM призван решить обе проблемы. Двенадцатибитный интерфейс делает отпечатки более полезными, а возможность печати без использования компьютера упрощает процедуру визуализации, исключает необходимость наличия дополнительного компьютера с операционной системой и драйверами, а также освобождает ИТ-персонал от лишних задач. Задания на печать могут быть отправлены непосредственно из системы визуализации, управления МРТ или других медицинских устройств.

примеры отпечатков

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

Отказ от пленки?
Конечно, печать на принтере проще, дешевле и быстрее, чем вывод изображений на пленку, но рассчитывать на полный отказ от пленки было бы глупо. Это связано не только с традициями в медицине, но и с исключительным разрешением пленочных диагностических материалов.
Высокая ценность принтеров с интерфейсом DICOM может проявиться при печати трехмерных изображений, полученных в результате томографии или составленных по итогам других медицинских исследований. Таким образом, принтеры могут быть использованы скорее как дополнение к пленочным носителям, но при этом медицинским руководителям необходимо знать: чем больше персонал использует функцию печати вместо экспозиции на пленке, тем больше дополнительных материальных средств высвобождается в отделении. И хотя распечатки исследований далеко не всегда оказываются полезными в диагностике, их всегда можно отдать клиентам, подготовить для страховых компаний и использовать для предварительной оценки ракурса снимка.
Причин экономии существует сразу несколько:
• во-первых, стоимость самого отпечатка на принтере в 5-10 раз меньше, чем экспозиция изображения на пленку — в среднем примерно 10 рублей против 70 рублей;
• во-вторых, временные трудозатраты на проявление пленки составляют 10-15 минут, в то время как печать страницы А4 на светодиодных принтерах составляет менее минуты;
• в-третьих, высокая нагрузка на проявочные машины приводит к их износу и преждевременной замене, а стоимость такого оборудования исчисляется десятками тысяч долларов.

Место DiCOM принтера в инфраструктуре
Принтер c интерфейсом DICOM является не только элементом медицинской системы, но также полноценной системой печати, как правило, с возможностью передачи широкого спектра цветов. Такой принтер может быть подключен непосредственно к системе диагностики, а также к компьютерной сети Ethernet, используя данные с медицинских PACS-серверов. Но при этом не исключается возможность использования того же принтера для решения офисных задач печати — создания больничных листов, распечатки эпикризов и многого другого. При этом наличие минимального запаса расходных материалов гарантирует доступность сервисов печати как для лечащих врачей, так и для специалистов в области диагностики. Однако не стоит забывать, что не всегда можно использовать полученные таким способом отпечатки для лечебной диагностики, прежде всего, такие технологии позволяют сократить расходы на необходимые бюрократические процедуры.

Источник

DICOM на сайте: как загружать и просматривать

Знали ли Вы, что на нашем сайте есть возможность не только загружать, но и просматривать клинические случаи в DICOM-формате?
Данная пошаговая инструкция научит Вас это делать.

Для начала нам нужно раздобыть DICOM-файлы. Мы будем копировать их с диска, который до этого записали на станции оператора.

1. Вставляем диск с DICOM в привод, открываем «Мой Компьютер». Если началась автозагрузка просмотровщика, то можно ее остановить.

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

2. Чтобы увидеть содержимое диска, в «Моем компьютере» кликаем на изображение диска правой кнопкой и выбираем «Открыть в новом окне»:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

3. В открывшемся окне ищем директорию «DICOM». Если такой директории нет, просто выделите все, что есть на диске. При дальнейшей загрузке лишние файлы будут удалены. На директории DICOM кликаем правой кнопкой мыши и выбираем «копировать»:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

4. Нам нужно скопировать файлы DICOM на наш компьютер, чтобы была возможность поместить их в zip-архив, иначе это работать не будет! Выбираем любую директорию, куда мы хотим поместить DICOM-файлы. В нашем примере это, конечно же, рабочий стол! Кликаем правой кнопкой мыши на пустом месте и выбираем «вставить»:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

5. Теперь делаем zip-архив с DICOM-файлами. Для этого кликаем по директории с файлами правой кнопкой мыши, выбираем «Отправить» и «Сжатая zip-папка»:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

6. Должен получиться zip-файл:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

7. На сайте RADIOMED создаем клиническое наблюдение. В разделе «Исследование» выбираем вкладку «DICOM»:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

8. Перетаскивем при помощи мыши наш DICOM-файл в область с надписью «переместите файл сюда. » или пользуемся кнопкой «просмотр», чтобы найти файл на диске:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

9. Ждем загрузки файла. Пока он загружается, модно закончить оформление остальных разделов клинического наблюдения.

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

10. После сохранения клинического наблюдения в окне исследования появится кнопка «DICOM»:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

11. После нажатия этой кнопки прямо Вы увидите окно просмотровщика прямо в браузере:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

Дождитесь загрузки исслелдования, полсле чего можно работать с ним практически также, как на рабочей станции:

Источник

Файл DICOM (что это такое и как его открыть)

DICOM — это аббревиатура от Digital Imaging and Communications in Medicine. Файлы в этом формате, скорее всего, сохраняются с расширением файла DCM или DCM30 (DICOM 3.0), но некоторые из них могут вообще не иметь расширения.

DICOM — это протокол связи и формат файла, что означает, что он может хранить медицинскую информацию, такую ​​как ультразвуковые и МРТ-изображения, а также информацию о пациенте в одном файле. Формат гарантирует, что все данные остаются вместе, а также предоставляет возможность передавать указанную информацию между устройствами, поддерживающими формат DICOM.

Расширение DCM также используется программой MacOS DiskCatalogMaker в качестве формата каталога DiskCatalogMaker.

Не путайте формат DICOM или файл с расширением DCM с папкой DCIM, в которой ваша цифровая камера или приложение для смартфона хранят фотографии.

Открытие файлов DICOM с помощью бесплатной программы просмотра

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

© Питер Дазли / Выбор фотографа / Getty Images

Файлы DCM или DCM30, которые вы найдете на диске или флэш-накопителе, предоставленном вам после медицинской процедуры, можно просмотреть с помощью прилагаемого программного обеспечения для просмотра DICOM, которое вы также найдете на диске или накопителе. Найдите файл с именем setup.exe или аналогичный или просмотрите любую предоставленную вам документацию с данными.

Если вы не можете заставить работать программу просмотра DICOM или ее не было в комплекте с вашими медицинскими изображениями, можно воспользоваться бесплатной программой MicroDicom. С его помощью вы можете открыть рентгеновский снимок или другое медицинское изображение прямо с диска, через ZIP-файл или даже с помощью поиска в ваших папках, чтобы найти файлы DICOM. После открытия файла в MicroDicom вы можете просмотреть его метаданные, экспортировать его как JPG, TIF или другой распространенный тип файла изображения и многое другое.

MicroDicom доступен как для 32-разрядных, так и для 64-разрядных версий Windows как в устанавливаемой, так и в переносной форме (что означает, что вам не нужно устанавливать его, чтобы использовать).

Если вы предпочитаете использовать веб-инструмент для открытия файлов DICOM, одним из вариантов является бесплатное средство просмотра изображений Jack Imaging — просто перетащите файл в квадрат на экране, чтобы просмотреть его. Если вы получили от врача файл, на котором должны быть медицинские изображения, например, с рентгеновского снимка, этот инструмент позволит вам быстро просмотреть его в Интернете.

DICOM Library — еще одна бесплатная онлайн-программа просмотра DICOM, которую вы можете использовать, что особенно полезно, если файл DICOM действительно большой, а RadiAnt DICOM Viewer — еще одна загружаемая программа, которая открывает файлы DICOM, но это только ознакомительная версия полной версии.

View My Scans — это аналогичная онлайн-программа просмотра DICOM, которая поддерживает как отдельные файлы, так и ZIP-архивы.

Файлы DICOM также можно открывать с помощью IrfanView, Adobe Photoshop и GIMP.

Файлы каталога macOS DiskCatalogMaker, сохраненные с использованием расширения DCM, можно открыть с помощью DiskCatalogMaker.

Как преобразовать файл DICOM

Программа MicroDicom, упомянутая уже несколько раз, может экспортировать любой файл DICOM, который у вас есть, в BMP, GIF, JPG, PNG, TIF или WMF. Если есть серия изображений, он также поддерживает их сохранение в видеофайл в формате WMV или AVI.

Некоторые из вышеперечисленных программ, поддерживающих формат DICOM, также могут сохранять или экспортировать файл в другой формат, вариант, который, вероятно, в Отправьте > Сохранить как or экспорт меню.

По-прежнему не удается открыть файл?

Если вы не можете открыть файл с помощью программ или веб-служб, упомянутых выше, дважды проверьте расширение файла, чтобы убедиться, что он действительно читает «.DICOM», а не просто то, что написано аналогичным образом.

Например, у вас действительно может быть файл DCO, который не имеет ничего общего с форматом DICOM или изображениями в целом. Файлы DCO — это виртуальные зашифрованные диски, которые используются с Safetica Free.

То же самое можно сказать и о подобных расширениях файлов, таких как DIC, хотя это может быть сложно. Файлы DIC на самом деле могут быть файлами изображений DICOM, но расширение файла также используется для файлов словарей в некоторых программах текстового процессора.

Если ваш файл не открывается как изображение DICOM, пропустите его через бесплатный текстовый редактор. Он может включать термины, относящиеся к словарю, которые вместо этого указывают на то, что файл находится в формате файла словаря.

DICOM также иногда используется как аббревиатура для удаленного протокола распределенной объектной модели компонентов, но он не имеет ничего общего с форматами файлов, описанными выше.

Источник

DICOM Viewer изнутри. Функциональные возможности

Добрый день, хабрасообщество. Мне хотелось бы продолжить рассмотрение аспектов реализации DICOM Viewer’а, и сегодня речь пойдёт о функциональных возможностях.

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

Инструментарий в 2D

Мультипланарная реконструкция (MPR)

Мультипланарная реконструкция позволяет создавать изображения из оригинальной плоскости в аксиальную, фронтальную, сагиттальную или произвольную плоскости. Для того чтобы построить MPR, необходимо построить объёмную 3D-модель и «разрезать» её в нужных плоскостях. Как правило, наилучшее качество MPR получается при компьютерной томографии(КТ), потому что в случае КТ можно создать 3D модель с разрешением, одинаковым во всех плоскостях. Поэтому выходное MPR получается с таким же разрешением, какое было у исходных изображений, полученных из КТ. Хотя бывают и МРТ с хорошим разрешением. Вот пример мультипланарной реконструкции:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

Зелёным — аксиальная плоскость (слева вверху);
Красным — фронтальная плоскость (справа вверху);
Синим — сагиттальная плоскость (слева внизу);
Жёлтым — произвольная плоскость (справа внизу).

Положение правого нижнего снимка определяется жёлтой линией на виде сбоку (левый верхний). Это и есть изображение, полученное «разрезанием» 3D-модели наклонной плоскостью. Для получения значения плотности в конкретной точки плоскости используется трилинейная интерполяция.

Мультипланарная реконструкция по произвольной кривой (curved MPR)

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

То же самое, что и MPR, только вместо произвольной плоскости можно взять кривую, как показано на рисунке. Используется, например, в стоматологии для панорамного снимка зубов.

Каждая точка на кривой задаёт исходную точку трассировки, а нормаль к кривой в этой точке соответствует направлению оси Y в двухмерном изображении для этой точки. Оси X изображения соответствует сама кривая. То есть в каждой точке двухмерного изображения направление оси X – это касательная к кривой в соответствующей точке на кривой.

Проекция минимальной/средней/максимальной интенсивности (MIP)

Значения минимальной интенсивности показывают мягкие ткани. Тогда как значения максимальной интенсивности соответствуют наиболее ярким участкам трёхмерного объекта — это либо наиболее плотные ткани, либо органы, насыщенные контрастным веществом. Минимальное/среднее/максимальное значение интенсивности берётся в диапазоне (как показано на рисунке пунктирными линиями). Минимальное значение по всей модели будет принимать воздух.

Алгоритм вычисления MIP очень простой: выбираем плоскость на 3D модели — пусть будет плоскость XY. Потом проходим по оси Z и выбираем максимальное значение интенсивности на заданном диапазоне и отображаем его на 2D плоскости:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

Изображение, полученное путём проекции средней интенсивности, близко к обычному рентгеновскому снимку:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

Некоторые виды радиологических исследований не дают должного эффекта без использования контрастного препарата, поскольку не отражают некоторые виды тканей и органов. Это связано с тем, что в организме человека есть ткани, плотность которых примерно одинакова. Чтобы отличать такие ткани друг от друга, используют контрастное вещество, которое придаёт крови большую интенсивность. Также контрастное вещество используется для визуализации сосудов при ангиографии.

Режим DSA для ангиографии

Ангиография — это приём, позволяющий визуализировать системы кровотоков (вены и сосуды) различных органов. Для этого используется контрастное вещество, которое вводят в исследуемый орган, и рентгеновский аппарат, создающий снимки во время ввода контрастного вещества. Таким образом на выходе аппарата получается набор снимков с разной степенью визуализации кровотоков:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

Однако вместе с венами и сосудами на снимках видны ткани других органов, например, черепа. Режим DSA (Digital subtraction angiography) позволяет визуализировать только кровотоки без каких-либо других тканей. Как это работает? Берём изображение серии, в котором кровотоки ещё не визуализированы контрастным веществом. Как правило, это первое изображение серии, так называемая маска:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

Затем вычитаем это изображение из всех остальных изображений серии. Получаем следующее изображение:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

На этом изображении хорошо видны кровотоки и практически не видны другие ткани, что позволяет проводить более точную диагностику.

Инструментарий в 3D

Инструмент куб видимости (Clipping Box)

Инструмент Clipping Box позволяет увидеть кости и анатомические ткани в разрезе, а также показать внутренние органы изнутри. Инструмент реализуется на уровне рендера, просто ограничивая область рейтрейсинга.

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

В реализации область рейтрейсинга ограничивается плоскостями с нормалями, направленными в сторону отсечения. То есть куб представляется шестью плоскостями.

Инструментарий редактирования объема — вырезание многоугольником

Инструмент похож на предыдущий и позволяет удалять фрагмент объёма под произвольным многоугольником:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

Под вырезанием следует понимать зануление вокселей в 3D-моделе, попавших в область многоугольника.
Также есть инструмент «Ножницы», который позволяют удалять части 3D-модели по принципу связности. Реализация: при выделении объекта происходит циклический поиск близлежащих связных вокселей, пока все близлежащие воксели не будут просмотрены. Затем все просмотренные воксели удаляются.

Линейка в 3D

В 3D можно производить измерения органов под любым углом, что невозможно для некоторых случаех в 2D.

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

В режиме 3D можно также воспользоваться полигональной линейкой:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

Инструментарий в 4D

Совмещение нескольких томографических серий в 3D (Fusion PET-CT)

ПЭТ-КТ (англ. PET-CT) относительно новая технология, являющаяся исследовательским методом ядерной медицины. Является методом мультимодальной томографии. Четвёртым измерением в данном случае является модальность (PET и CT). Предназначена в основном для обнаружения раковых опухолей.

CT помогает получить анатомическую структуру человеческого тела:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

а PET показывает определённые области концентрации радиоактивного вещества, которая напрямую связана с интенсивностью кровоснабжения данной области.

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

PET получает картину биохимической активности, детектируя в теле человека радиоактивные изотопы. Радиоактивное вещество скапливается в органах, насыщенных кровью. Затем радиоактивное вещество претерпевает позитронный бета-распад. Образовавшиеся позитроны в дальнейшем аннигилирует с электронами из окружающей ткани, в результате чего происходит излучение пар гамма-лучей, которые и детектируются аппаратом, и затем на основе полученной информации строится 3D изображение.

Выбор радиоактивного изотопа определяет биологический процесс, который желают отследить в процессе исследования. Процессом может быть метаболизм, транспорт веществ и др. Поведение процесса в свою очередь является ключом к верной диагностике заболевания. На изображении выше у пациента в области печени видна опухоль.

Но основываясь на PET трудно понять, в какой части тела находится область с максимальной концентрацией радиоактивного вещества. При соединении геометрии тела (CT) и областей, насыщенных кровью с высокой концентрацией радиоактивного вещества (PET), получаем:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

В качестве радиоактивного вещества для PET применяются радиоактивные изотопы с разными периодами полураспада. Для образования всякого рода злокачественных образований используется фтор-18 (фтордезоксиглюкоза), йод-124 используется для диагностирования рака щитовидной железы, галлий-68 — для обнаружения нейроэндокринных опухолей.

Функционал Fusion формирует новую серию, в которой изображения обоих модальностей (и PET и CT) объединены. В реализации изображения обоих модальностей перемешиваются, а затем сортируются по оси Z (считаем, что X и Y – оси изображения). Фактически получается, что изображения в серии чередуются (PET, CT, PET, CT …). Эта серия в дальнейшем используется для отрисовки 2D fusion и 3D fusion. В случае 2D fusion изображения отрисовываются попарно(PET-CT) в порядке возрастания Z:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

В данном случае сначала был отрисовано изображение CT, затем PET.

3D fusion реализован для видеокарты на CUDA. На видеокарте отрисовываются одновременно обе 3D-модели — PET и CT и получается реальный мультимодальный fusion. На процессоре fusion тоже работает, но работает несколько иначе. Дело в том, что на процессоре обе модели представлены в памяти как отдельные окто-деревья. Следовательно, при отрисовке необходимо трассировать два дерева и синхронизировать пропуск прозрачных вокселей. А это бы значительно снизило скорость работы. Поэтому было решено просто накладывать результат рендера одной 3D-модели поверх другой.

4D CardiacCT

Технология Cardiac CT используется для диагностики различных нарушений работы сердца, включая коронарную болезнь сердца, тромбоэмболия легочной артерии и другие заболевания.

4D Cardiac CT представляет собой 3D во времени. Т.е. получается небольшое видео, которое будем называть кинопетлёй, в которой каждый кадр будет представлять собой 3D-объект. Исходные данные представляют собой набор dicom-изображений сразу для всех кадров кинопетли. Для того чтобы преобразовать набор изображений в кинопетлю, необходимо сначала сгруппировать исходные изображения по кадрам, а затем для каждого кадра создать 3D. Построение 3D-объекта на уровне кадра происходит так же как и для любой серии dicom-изображений. Мы используем эвристическую сортировку изображений для группировки по кадрам, используя положение изображения на оси Z (считая что X и Y это оси изображения). Полагаем, что после группировки по кадрам, в каждом кадре получается одинаковое количество изображений. Переключение кадра фактически сводится к переключение 3D-модели.

5D Fusion Pet – CardiacCT

5D Fusion Pet – CardiacCT — это 4D Cardiac CT с добавлением fusion с PET в качестве пятой размерности. В реализации сначала создаём две кинопетли: с CardiacCT и с PET. Затем делаем fuision соответствующих кадров кинопетель, что даёт нам отдельную серию. Затем строим 3D полученной серии. Выглядит это так:

Виртуальная эндоскопия

В качестве примера виртуальной эндоскопии будем рассматривать виртуальную колоноскопию, поскольку она является наиболее распространённым видом виртуальной эндоскопии. Виртуальная колоноскопия позволяет на основе данных КТ построить объёмную реконструкцию области брюшной полости и по этой трёхмерной реконструкции произвести диагностику. Во вьюере есть инструмент полёт камеры (fly-through) с навигацией по MPR:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

который в том числе позволяет автоматически следовать анатомической структуре. В частности позволяет просматривать внутрикишечную область в автоматическом режиме. Вот как это выглядит:

Полёт камеры представляет серию последовательных перемещений по внутрикишечной области. Для каждого шага вычисляется вектор перемещения камеры в следующую часть анатомической структуры. Вычисление производится на основе прозрачных вокселей в следующей части анатомической структуры. Фактически вычисляется некий средний воксель среди прозрачных. Начальный вектор перемещения задаётся вектором камеры. В инструменте Полёт камеры используется исключительно перспективная проекция.

Также есть функционал для автоматической сегментации кишечника, т.е. функционал для отделения кишечной области от остальной анатомии:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

Возможна также навигация по сегментированной 3D-модели (кнопка Show camera orientation), которая по клику мыши на 3D-моделе перемещает камеру на соответствующую позицию в исходной анатомии.
Сегментация реализуется с помощью волнового алгоритма. Полагается, что анатомия замкнутая в том смысле, что она не контактирует с другими органами и внешним пространством.

Система просмотра ЭКГ (Waveform)

Отдельным модулем во viewer’е реализовано чтение данных из Waveform и их отрисовка. DICOM ECG Waveform это специальный формат хранение данных отведений электрокардиограмм, определяемый стандартом DICOM. Данные электрокардиограммы представляют собой двенадцать отведений — 3 стандартных, 3 усиленных и 6 грудных. Данные каждого отведения представляют собой последовательность измерений электрического напряжения на поверхности тела. Для того чтобы отрисовать напряжения, нужно знать масштаб по вертикали в мм/мВ и масштаб по горизонтали в мм/сек:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

В качестве вспомогательных атрибутов также отрисовывается сетка для простоты измерения расстояний и масштаб в левом верхнем углу. Варианты масштаба подобраны с учётом врачебной практики: по вертикали — 10 и 20 мм/мВ, по горизонтали — 25 и 50 мм/сек. Также реализованы инструменты для измерения расстояния по горизонтали и вертикали.

DICOM-Viewer как DICOM-клиент

DICOM-Viewer, помимо прочего, представляет собой полноценный DICOM-клиент. Есть возможность производить поиск на PACS-сервере, получать из него данные и др. Функции DICOM-клиента реализованы с помощью открытой библиотеки DCMTK. Рассмотрим типичный use-case работы DICOM-клиента на примере viewer’а. Производим поиск стадий на удалённом PACS-сервере:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

При выборе стадии внизу отображаются серии для выбранной стадии и количество изображений в них. Сверху справа указывается PACS-сервер, на котором будет произведён поиск. Поиск можно параметризовать, уточняя критерии поиска: PID, дата исследования, имя пациента и др. Поиск на клиенте реализуется командой C-FIND SCU с помощью библиотеки DCMTK, которая работает на одном из уровней: STUDY, SERIES и IMAGE.

Далее изображения выбранной серии можно загрузить, используя команды С-GET-SCU и C-MOVE-SCU. Протокол DICOM обязывает стороны соединения, т.е. клиента и сервера, заранее договориться, какие типы данных они собираются передавать через это соединение. Под типом данных понимается комбинация значений параметров SOPClassUID и TransferSyntax. SOPClassUID определяет тип операции, которую планируется выполнять через данное соединение. Наиболее часто используемые SOPClassUID’ы: Verification SOP Class (пинг сервера), Storage Service Class (сохранение изображений), Printer Sop Class (выполнение печати на DICOM-принтере), CT Image Storage (сохранение изображений КТ), MR Image Storage (сохранение изображение МРТ) и другие. TransferSyntax определяет формат бинарного файла. Популярные TransferSyntax’ы: Little Endian Explicit, Big Endian Implicit, JPEG Lossless Nonhierarchical (Processes 14). То есть, чтобы передать МРТ изображения в формате Little Endian Implicit, то в соединение необходимо добавить пару MR Image Storage — Little Endian Explicit.

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

Загруженные изображения сохраняются в локальное хранилище и, при повторном просмотре, загружаются из него, что позволяет увеличить производительность viewer’а. Сохранённые серии помечаются жёлтым значком в верхнем левом углу первого изображения серии.

Также DicomViewer как DICOM-клиент умеет записывать диски с исследованиями в формате DICOMDIR. Формат DICOMDIR реализуется в виде бинарного файла, который содержит относительные пути ко всем DICOM-файлам, которые записываются на диск. Реализуется с помощью библиотеки DCMTK. При чтении диска считываются пути ко всем файлам из DICOMDIR и после этого загружаются. Для добавления в DICOMDIR стадий и серий был разработан такой интерфейс:

что такое диком файл. Смотреть фото что такое диком файл. Смотреть картинку что такое диком файл. Картинка про что такое диком файл. Фото что такое диком файл

Вот и всё, что я хотел рассказать про функционал DicomViewer’а. Как всегда очень приветствуется обратная связь от квалифицированных специалистов.

Примеры данных:
MANIX — для общих примеров (MPR, 2D, 3D и т.д.)
COLONIX — для виртуальной колоноскопии
FIVIX — 4D CARDIAC-CT
CEREBRIX — Fusion PET-CT

Источник

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *